Nach der Computeranalyse der Daten des Microarray Experiments für das gene expression profiling erhält der Wissenschaftler eine Genliste von herauf- und herabregulierten Genen. Diese Liste muss jedoch weiter aufbereitet werden. Die Gene sind in dieser Liste lediglich als eine Nummer beziffert, d.h. um was für ein Gen es sich genau handelt ist aus der Liste nicht zu entnehmen. Je nach Organismus, der für den Versuch verwendet wurde, existieren verschiedene Webseiten, die das komplette entschlüsselte Genom enthalten. Auch enthalten diese die Gen Nummern, die zugehörige Sequenz und falls vorhanden auch die Bezeichnung und Funktion des Gens. Es ist also unabdingbar, das das Genom des zu untersuchenden Organismus sequenziert ist. Dies ist bei den meisten Modellorganismen wie Drosophila melanogasta oder Mus musculus, welche in der Forschung verwendet werden der Fall. Bei der Mehrzahl der Organismen ist jedoch nicht jedes einzelne Gen bekannt bzw. das Protein für das es kodiert. Aus dem Grund ist bei den Microarray Experimenten ein Teil der Ergebnisse nicht auswertbar, was dann auch die Antwort der jeweiligen Fragestellung des Experiments erschwert. Sobald diese Annotation der Gene mit einer Änderung der Genexpression fertig gestellt wurde, lassen sich die Ergebnisse noch weiter aufbereiten. Bei vielen Microarray Experimenten, die den Einfluss beispielsweise von osmotischem Stress untersuchen, wird nicht nur ein Experiment durchgeführt, sondern eine ganze Zeitreihe. D.h. die Auswirkung des osmotischen Stresses auf die Genexpression des jeweiligen Organismus wird über eine bestimmte Zeit beobachtet und zu verschiedenen Zeitpunkten wird die RNA isoliert und für die Microarray Experimente verwendet. Die Ergebnisse der verschiedenen Zeitpunkte müssen dann miteinander verglichen werden, um feststellen zu können, ob Gene vorhanden sind die über einen längeren oder nur zu einem speziellen Zeitpunkt des Versuchs eine Änderung der Genexpressionsrate aufweisen. Diese Ergebnisse einer Zeitfolge lassen sich mittels des Clustern gut in einer Abbildung darstellen. Dabei erhält jedes Gen eine Farbe, welche ausdrückt, ob dieses Gen zu dem jeweiligen Zeitpunkt herauf- oder herabreguliert wird. Anhand dessen lassen sich die Ergebnisse besser darstellen. Auch fällt dann schnell auf, ob es Gruppen von Genen gibt, die gleiche Änderungen der Genexpression aufweisen. Diese werden dann zu einem Cluster zusammengefügt.